Оплату от клиента в программе можно оформить тремя путями
1.Наличными деньгами в кассу организации.
2.Безналичным путем на расчетный счет.
3.Взаимозачетом.
Можно использовать по одному заказу разные формы оплаты.( например, 50%-наличными , 30%-безналичным платежом, остальное -взаимозачетом)
1.Для оплаты наличными:
1.Выделить курсором оплачиваемый клиентом заказ.
2.В меню нажать кнопку Документы - Наличная оплата.
3.Откроется приходный кассовый ордер с указанием договора и полной суммы оплаты по заказу. При необходимости сумму можно откорректировать вручную. Записать документ, распечатать, провести кнопкой ОК.
На рабочем месте диспетчера в колонке «Оплата» по данному заказу появится сумма, оплаченная клиентом.
Все приходные кассовые ордера можно найти, посмотреть, исправить и перепечатать через главное меню – «Документы» - «Деньги» - «Приходный кассовый ордер».

2.Оплата по безналичному расчету.
1.Выделить курсором оплачиваемый клиентом заказ.
2.В меню нажать кнопку Документы - Безналичная оплата.
3.Откроется документ Платежное поручение входящее с полной суммой заказа. При необходимости сумму можно откорректировать вручную. Указать № и дату платежного поручения клиента, назначение платежа, поставить галочку «Оплачено» и дату оплаты, провести ОК.
На рабочем месте диспетчера в колонке «Оплата» по данному заказу появится сумма, оплаченная клиентом
Все Платежные поручения входящие можно найти, посмотреть, исправить через главное меню – «Документы» - «Деньги» - «Платежные поручения входящие».

3.Взаимозачет
Для проведения корректировки долга должны быть и Заказ поставщику, и Заказ покупателя.
1.Выделить курсором оплачиваемый клиентом заказ.
2.В меню нажать кнопку Документы – Корректировка долга.
3.Указать в шапке документа Дебитора и Кредитора. По кнопке «Заполнить» табличная часть заполняется данными. Если заказ покупателя не попал в табличную часть, по кнопке «Добавить» его можно внести вручную. Откорректировать сумму взаимозачета. Провести документ.
Список Документов «Корректировка долга» можно найти, посмотреть, исправить через главное меню – «Документы» - «Взаимозачеты и корректировки» - «Корректировка долга».
Для быстрого поиска всех платежных документов по заказу покупателя можно выделить заказ курсором, нажать кнопку «Документы» - «Показать связанные документы».

Кроме перечисленных способов, заказ можно оплатить докуметом Зачет покупок зарплатой, который производит взаимозачет между регистрами Взаиморасчеты с контрагентами и взаиморасчеты с работниками

Что качается безналичной оплаты, в большинстве случаев, используется обработка Клиент банка, которая создает платежные поручения.
Задача оператора - открыть созданный обработкой документ и указать правильный Заказ (или несколько заказов, если оплата произошла по нескольким сделкам)

Если оплатить заказ наличными частично, а потом попробовать доплатить безналом, то формируется платежка на всю сумму. Косяк несущественный, так как
а) бывает редко
б) безнал обычно не заводят руками, а затягивают автоматически и потом в платежках привязывают к заказам.
Но все равно косяк, и желательно поправить